Parallel-fastq-dump使用
WebNov 28, 2024 · 为什么fastq-dump处理单细胞sra文件后始终只能得到一个fastq文件?. sra文件是prefetch下载的SRR13509385,根据网站信息,它应该是一个单细胞测序的双端10X测序。. 我跟着健明大佬的教程,用fastq-d…. 显示全部 . 关注者. 11. 被浏览. 22,005. 关注问题. WebOct 30, 2024 · 使用pfastq_dump,因为pfastq_dump是基于fastq_dump写的一个bash程序,所以参数是相同的: 对于单端数据转换,转换后文件是fq.gz: for id in *sra; do pfastq …
Parallel-fastq-dump使用
Did you know?
NCBI fastq-dumpcan be very slow sometimes, even if you have the resources (network, IO, CPU) to go faster, even if you already … See more The preferred way to install is using Bioconda: conda install parallel-fastq-dump this will get you the sra-tools dependency as well. See more Web维基教科书,自由的教学读本. 一、创建导出数据存放目录. 如:mkdir /u01/dump. 二、创建directory逻辑目录. CREATE OR REPLACE DIRECTORY DATA_DUMP_DIR AS '/u01/dump'; 三、导出数据. 1)按用户导. expdp mctpsa/mctpsa@ipap schemas=mctpsa dumpfile=expdp.dmp DIRECTORY=DATA_DUMP_DIR; 2)并行进程parallel.
WebNov 25, 2024 · fastq-dumpにはsraファイルの特定の範囲を照会するオプション(-Nと-X)があるため、このツールparallel-fastq-dumpは作業を要求されたスレッド数に分割し、複数のfastq-dumpを並列実行して高速化する。 結果は内部で連結され、fastq-dumpを実行したのと同じ結果が得られる。 インストール mac os10.14でテストした。 依存 … WebOct 4, 2024 · fastq-dump 基本上稳定在一个线程,而 fasterq-dump 尽管指定了20个线程,但平均只用了11.5个线程吧。 对于我们而言,我们只要看最后的total部分,也就是实际花了多少时间。 fastq-dump 花了快10分钟,而 fasterq-dump 只需要1分钟,快了9倍多。 最后还有一点不足之处:输出的fastq的ID目前暂时没有选项可以调整,需要自己写个脚本解决 …
WebOct 17, 2024 · I suggest you follow the advice in Eric A Brenner's answer and just download the fastq files. However, if you really really want to use the SRA files for some reason, … WebJan 9, 2024 · IndexError: list index out of range · Issue #25 · rvalieris/parallel-fastq-dump · GitHub. rvalieris / parallel-fastq-dump Public. Notifications.
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Webcat runids.txt parallel fastq-dump --split-files {} Rename the Sequences. Because the sequence file names are not meaningful to us, we would like to rename them by sample name. Above we made a file, run_sample_names.tsv, associating the run names with the sample names for this data set. We took the sample names from column 30 of the ... memphis election 2022WebNov 25, 2024 · NCBIのfastq-dumpはリソース(ネットワーク、IO、CPU)が速くても、時には非常に遅くなることがある(Githubのprotipを参照)。 fastq-dumpにはsraファイ … memphis education fund addressWebFeb 17, 2024 · 默认会将sra格式转换为fastq格式,使用到的工具是 fasterq-dump 这个工具,试了几次一直遇到报错,所以就将下载格式默认选择为sra 需要制定参数 -f sra. 想的 … memphis eeoc officeWebDec 5, 2024 · JDBC 批量处理(13). 1)当需要成批插入或者更新记录时,可以采用Java的批量更新机制,这一机制允许多条语句一次性提交给数据批量处理。. 通常情况下比单独提交处理更有效率. 桑鱼. memphis election ballot 2022Web从用户模式 (user mode)来看, 两者的总CPU使用时间都差不多是560秒,从内核模式来看 (Kernel Mode)来看, fasterq-dump 花了更多时间在调用底层硬件上,例如分配内存地址 … memphis egypt and memphis tennesseeWebMay 25, 2016 · Alain Coletta parallel-fastq-dump is only for python version 3.0 or above. I would recommend downloading .sra file using aspera (it is the fastest i know as of now) and converting .sra to fastq ... memphis egypteWebAug 5, 2024 · The SRA Toolkit provides 64-bit binary installations for the Ubuntu and CentOS Linux distributions, for Mac OS X, and for Windows. The current binaries for: For installing on Windows: The installation processes for Mac OS X and the two Linux distributions are roughly identical. 1. Fetch the tar file from the canonical location at NCBI: 2. memphis efiling